引物长度:
引物长度通常在15~30bp之间,常用的为18~27bp。
不建议引物长度大于38bp,因为过长的引物可能导致与模板DNA的结合能力下降,并且最适延伸温度可能超过Taq DNA聚合酶的最适温度(74℃),从而影响产物的特异性。
GC含量:
G+C含量应在40%~60%之间,以45%~55%为宜。
上下游引物的GC含量应保持接近,以确保Tm值(熔解温度)相近,使得复性条件最佳。
Tm值:
引物所对应模板位置序列的Tm值应在72℃左右,这有助于优化PCR反应条件。
避免自身互补:
引物设计时应避免含有自身互补的碱基序列,以防止引物之间形成二聚体,影响PCR扩增效率。
避免特定结构:
引物设计时应尽量避免出现二硫键或普鲁文结构(如三个或四个相邻的G或C碱基),这些结构可能影响引物的稳定性和PCR扩增效率。
修饰:
在引物的3'端末端,可以引入一些修饰,如磷酸化或5-末端的过氧化磷酸,以提高合成效率和PCR反应的特异性。